1801 年春，詹姆斯-麦迪逊初到华盛顿时，这里还是一片荒野。1800年夏秋之际，联邦政府迁至新址，但要使新首都成为一座国家城市，甚至是一个适合居住的地方，还只是迈出了蹒跚的小步。总统官邸至少在外观上是一座完工的建筑，尽管院子里到处都是正在施工的砖石碎屑。国会大厦位于一英里半外的一座小山上，刚刚开工。这里有几家寄宿公寓、几家商店和小酒馆，还有零星的私人住宅（其中许多是按特殊规格建造的）。道路是未铺设的小路。国会山的打鹧鸪很好，当地人在现在的国家广场种植蔬菜。在欧洲过了十年上流生活后，如今已是纽约参议员的古弗努尔-莫里斯在写给他的一位公主朋友的信中说：“我们在这里什么都不需要，只需要房子、酒窖、厨房、见多识广的男人、和蔼可亲的女人，以及其他类似的琐事，就能让我们的城市变得完美”。
不论华盛顿特区的情况如何严峻，麦迪逊所面临的前景仍然是辉煌的。他和他的盟友们以及他们的领袖托马斯-杰斐逊完成了美国历史上崭新的、在世界历史上也是罕见的壮举：一群人取代了他们的对手，和平地登上了政府的最高职位。共和党的大面积胜利引人注目。不仅杰斐逊当上了总统，共和党人在众议院也以三比二的比例占据多数（几乎扭转了联邦党人在上届国会中占多数的局面），他们在参议院也几乎打成平手。这一转变并不是通过革命手段实现的：联邦党人没有给自己加冕，共和党人也没有摘下他们的皇冠或头颅，尽管两党都很担心。但事实上，人们认为这次更迭是革命性的。杰斐逊认为这是第二次美国革命。
杰斐逊的内阁由两名马萨诸塞州人组成，他们是亨利-迪尔伯恩（战争部长）和列维-林肯（总检察长）。塞缪尔-史密斯（Samuel Smith）是巴尔的摩的国会议员和商人，他更愿意留在众议院而不是担任海军部长，因此杰斐逊任命了他的弟弟罗伯特。由于总检察长一职在当时只是个小职位，而且杰斐逊打算奉行和平政策（不再对法国捶胸顿足），因此这些任命都不算什么。对于财政部长一职，杰斐逊选择了共和党人阿尔伯特-加勒廷（Albert Gallatin）。至于他自己曾在乔治-华盛顿内阁中担任过的国务卿一职，他要麦迪逊来担任。
杰斐逊、麦迪逊和加勒廷组成的三巨头几乎与十年前华盛顿、杰斐逊和亚历山大-汉密尔顿组成的三巨头一样辉煌。新的三巨头与之前的三巨头不同，他们将团结在一起。三位伟大的共和党人意见一致。甚至连野心也无法将他们分开。加勒廷梦想着有朝一日自己也能当上总统，因为虽然他出生在外国，但在宪法通过时他就是公民了，根据宪法第二条第一款的规定，他有资格成为总统。对于一位成功的政治家来说，他有一点几乎是独一无二的，那就是他似乎完全专注于做好自己的工作，无论那是什么。杰斐逊已经达到了顶峰；他唯一的野心可能就是在国家的爱护下留在那里。麦迪逊是明显的继承人。
从来没有一个内阁成员与总统如此亲近，也许以后也不会再有。华盛顿的内阁因他自身的独特性而与他有个距离。亚当斯的内阁因其任性而与他疏远。杰斐逊曾做过麦迪逊的工作，因此有自己的观点和实践经验，而这往往是总统压倒其国务卿的秘诀。但麦迪逊长期以来一直在各个问题上为他的老板出谋划策，这给了他一种补偿性的亲密感。
麦迪逊和他的家人--多莉、儿子佩恩和妹妹安娜--在白宫里找了地方与杰斐逊同住了三个星期。然后，在宾夕法尼亚大道国务院临时办公室的上边住了两个月后，最后他在 F 街租了一间房子。
麦迪逊得天独厚受关爱，因此显眼，因此脆弱。对于一夜之间变成几乎无能为力的少数派的联邦党人来说，麦迪逊只是一个工具和谄媚者。他们把抱怨留给了杰斐逊，杰斐逊是他们的取代者、死敌和仇恨人物。但是，如果有共和党人对杰斐逊政府的所作所为不满，他们会抨击谁呢？于是，共和党人的避雷针和替罪羊就成了右手詹姆斯-麦迪逊。
他因为任命而树敌。理想情况下，共和党人不会搞恩赐交易。他们对联邦主义的抱怨之一就是，联邦主义通过设立不必要的政府机构并分配这些机构来强化自己。然而，共和党人创建了一个党派为共同理想奋斗的同时，也在为自己的利益和地位提升而努力。因此，1800 年大选之后，许多共和党人前来乞讨。
尽管是麦迪逊把菲利普-斐瑞诺塞进了杰斐逊的国务院，但他还是不偏不倚地管理着自己的国务院，保留了强硬派联邦党人雅各布-瓦格纳（Jacob Wagner）担任首席书记官，因为他能力出众。麦迪逊的态度让本杰明-富兰克林-巴切（Benjamin Franklin Bache）在极光报社的继任者威廉-杜安（William Duane）感到困惑，以至于他从费城赶到华盛顿，敦促麦迪逊对国务院的岗位安置采取正确的做法。杜安把他在国务院找到的八个办事员形容为四个”海盗"，"一个汉密尔顿主义者，一个虚无主义者，一个谦虚的人和一个笨蛋"。杜安的抱怨是没有收到效果，从那时起，他就把麦迪逊视为软弱的芦苇。
另一位共和党记者詹姆斯-卡伦德（James Callender）是《煽动叛乱法》的“殉难者”之一，他申请自己应该受到赔偿。杰斐逊向他签发了追溯性赦免令，并命令偿还他 200 美元的罚款。然而，卡伦德想要的不仅仅是平反；弗吉尼亚州里士满的邮政局长职位正好符合他的要求。他给麦迪逊写了一封油腔滑调又不直接说的信："听说你接受了新总统的职位，我非常高兴，因为……。我很想在他们中间找到一个人，我可以毫不虚伪地声称对他有好感"。卡伦德在信后拜访了在华盛顿的麦迪逊。为时已晚，杰斐逊和麦迪逊开始怀疑他们曾经的这位支持者。国务卿告诉卡伦德不要抱太大希望。
不过，杰斐逊政府第一年最重要的任命决策与新任副总统有关。当众议院上演了36张选票并列的总统选举大戏时，亚伦-伯尔扮演了什么角色？是无辜的旁观者，眼睁睁地看着联邦党人竭力将杰斐逊挡在白宫门外？还是幕后阴谋家，积极协助他们的努力？当时的流言蜚语，无论是共和党人还是联邦党人，都把伯尔称为阴谋家。杰斐逊注意到了这些流言蜚语--其中一些是由麦迪逊转达给他的，并保持着自己的看法。
一年前，伯尔的盟友马修-戴维斯（Matthew Davis）曾在关键的立法选举中担任民意测验员，杰斐逊拒绝了对他在纽约海关的任命，这是他对副总统态度的第一个迹象。（戴维斯当时非常热心，十五个小时没吃东西看着。）伯尔为戴维斯写了三封信，戴维斯甚至专程到蒙蒂塞洛为自己游说。最后，杰斐逊告诉他的副总统，他的邀约政策是让让人们在他”做与不做中找到答案”。戴维斯从未得到这份工作。
纽约是共和党胜利联盟的重要组成部分。在接下来的十六年里，杰斐逊和麦迪逊的任务之一就是管理他们在北方的这个小伙伴，并确保他们一直是小伙伴。在纽约，弗吉尼亚人与雄心勃勃、精力充沛、45 岁的伯尔合作会更好？还是与第七次州长任期六十二岁的乔治-克林顿（George Clinton）？
麦迪逊另一次树敌是在原则问题上。新共和党众议院筹款委员会主席是一位 28 岁的弗吉尼亚人，杰斐逊表弟的孩子，来自罗诺克的约翰-伦道夫。他一生嗓音洪亮，从不使用剃须刀。他的快言快语和急躁脾气让世人敬畏。在二三十岁时，他还不像后来在酒精、鸦片和失望的几重作用下那样疯狂。但他已经很任性跋扈。
他与麦迪逊的冲突是由上个十年遗留下来的一桩不正当的房地产交易引起的。佐治亚州宣称拥有一片广袤的西部腹地，这片腹地被称为亚祖国（Yazoo country），取自现在密西西比州的一条河流。1795 年，佐治亚州以 50 万美元的价格向四家土地公司出售了 2,000 万亩亚祖土地。但第二年，该州宣布出售无效，理由是除一名议员外，其他所有议员都被贿赂。佐治亚州和土地公司并不是唯一认为自己是土地所有者的：联邦政府也说它拥有这块土地，而几个印第安民族--克里克族、切诺基族、乔克托族和奇卡索族--实际上占据着这块土地。
为了解决这一问题，杰斐逊任命麦迪逊、加勒廷和总检察长林肯为委员会成员。1802 年 4 月，他们在没有试图解决任何有关占有权的根本问题的情况下，在州政府、印第安人和投资者之间斡旋达成了一项协议。委员们说，"在合理的条件下达成妥协"是"权宜之计"。但伦道夫不接受权宜之计，他认为自己的政党支持州权，反对腐败。他将佐治亚州的主权权力用作是惩罚立法者和惩罚贿赂他们的土地公司的贪婪作为善恶的试金石。
所有这些恩怨在不同的时间沸腾起来，就像炉子上的锅。至少在麦迪逊看来，伯尔的事闹得最小。克林顿共和党人开始在伯尔的大本营纽约市利用《美国公民报》（American Citizen）攻击伯尔，该报由一位自称詹姆斯-希瑟姆（James Cheetham）的英国移民编辑。在杰斐逊的第一个任期末期，伯尔向总统本人抱怨这种谩骂。杰斐逊回答说，他对此事的关注不多于刮过去的风。他承认，希瑟姆有一份在纽约市印刷联邦法律的合同，这对任何报纸来说都是一笔宝贵的补贴。但这些安排是"由国务卿做出的，跟我没有关系"。换句话说，所有对伯尔的污蔑都不是在杰斐逊的帮助下完成的，而是在杰斐逊最好的朋友的帮助下完成的。而通过绊倒亚伦·伯尔，麦迪逊能获得最大的收益。伯尔决定最好跳出共和党来谋求自己的未来。
伦道夫在任期的最后阶段聚焦亚祖这个事。他试图把麦迪逊和其他妥协者赶出党。他认为佐治亚州的人民有权废除腐败的契约，任何持不同意见的人自己也一定是腐败的。他问道：”我们现在与之斗争的精神是什么？......一个由欺诈产生、在腐败中孕育、在严酷的沉默中等待猎物的怪物！它就是联邦主义精神--这种精神认为多数人只是为少数人而生的，它认为政府中不过是一份工作，它对自己的真诚永远比不上对国家的虚伪！"尽管他的过激言辞多年来一直阻碍着对亚祖这个事的立法，但他在阻止麦迪逊方面却没有那么成功。在任何时候，无论伦道夫会给人带来什么伤害，但从长远来看，他并不是一个坏敌人。
杜安在长达十年的时间里一直是麦迪逊的一根刺，他攻击麦迪逊和加勒廷，同时又对杰斐逊保持着炫耀性的忠诚，支持宾夕法尼亚州政治中的民粹主义派别，并谴责他不喜欢的共和党人是"Quids"（来自"terium quid"--第三样东西，非鱼非鸟）。
在所有共和党持不同政见者中，卡伦德对美国人的思想影响最大，因为 1802 年 9 月，他在联邦党人的报纸《里士满记录报》（Richmond Recorder）上发表了一篇文章，向全国人民讲述了莎莉-海明斯的故事（如果他不能为邮局工作，他就会为另一方工作）。两百年后的今天，他的抨击中流露出的狡黠轻蔑仍然令人震惊。”众所周知，这个人们乐于尊敬的人，多年来一直包养着他的一个奴隶，作为他的妾。她叫莎莉。她的长子名叫汤姆。据说他的五官与总统本人非常相像，只是像黑貂一样。“乐于尊敬”这几个斜体字指的是《以斯帖记》的第六章，在这一章中，恶棍哈曼以为波斯国王阿哈瑟鲁斯（Ahaseurus）乐于尊敬他，而国王实际上乐于尊敬哈曼的敌人—犹太人末底改；当末底改占上风时，哈曼和他的儿子们都被绞死了。卡伦德希望把杰斐逊变成美国的哈曼。
十个月后，1803 年 7 月，卡伦德被发现漂浮在詹姆斯河上，已经死亡。验尸官陪审团裁定他是在醉酒后河里洗澡时意外溺水身亡。卡伦德确实喝了酒。但是否有人帮助他掉入詹姆斯河然后去往永生？
当记者太过分时，殴打他们是常有的事。卡伦德去世前几个月，里士满的一名律师用棍棒袭击了他，而这名律师恰好是詹姆斯-门罗的女婿。如果绅士们（记者不属于这个阶层）冒犯了人，人们就会在决斗场上寻求满足名誉的清白。麦迪逊本人从未参加过决斗，但他接受这种做法。早在亚当斯执政时期，两名国会议员就曾手持拐杖和火钳，在众议院的会场上大打出手；麦迪逊认为，他们应该用决斗来代替。一场政治革命在没有革命暴力的情况下发生了，但人与人之间的临时暴力却在美国政治的边缘闪烁。历史接受了验尸官陪审团对卡伦德案件的判决，但在麦迪逊后来的职业生涯中，政治暴力将以令人震惊的形式出现。
共和党同僚对麦迪逊的抱怨听起来很现代，实际上却是永恒的。实干家（杜安）说他不会把自己的手弄脏；纯粹主义者（伦道夫）说他腐败和会把自己卖掉。伯尔和卡伦德都没有直接攻击麦迪逊；只要他不犯自己的错误，并保留杰斐逊的支持，他就能在那些人的攻击下生存下来。声名显赫可能是一件孤独的事情，但总的来说总比默默无闻要好办一些。
政治就到此为止。麦迪逊的工作呢？
麦迪逊和杰斐逊有两个共同的目标和两个共同的偏见，这两个目标和偏见将指导他们今后八年及以后的外交政策。目标是和平与扩张；偏见是对法国的信任和对英国的不信任。
他们渴望和平，因为战争既昂贵又凶残。战争压迫纳税人，让国家官僚膨胀，造成恐慌和压迫（《外国人法案》和《煽动叛乱法案》不久前证明了这一点）。然而，他们的和平政策并非消极被动。他们认为，美国的商业对世界非常有价值，可以将其作为武器，而不是军队和护卫舰。
他们赞成扩张，因为这是人口命运决定的。美国定居者纷纷涌入俄亥俄河谷、肯塔基州和田纳西州。印第安人和欧洲人都无权阻挡他们的脚步。
至于他们对法国和英国的态度，法国大革命唤起的激情已经改变了，不论在他们自己还是欧洲。1799 年，拿破仑-波拿巴（Napoleon Bonaparte）就任第一执政，法国的共和政体被推翻了，即使形式上还没有被推翻，但精神上已经被推翻了。断头台和勒索者让位给了一个军人。拿破仑上台之初，杰斐逊曾怀疑他是更像乔治-华盛顿，还是更像奥利弗-克伦威尔—是坚持法律，还是扭曲法律以达到自己的目的。然而，在拿破仑显然独断专行之后的很长一段时间里，这两位弗吉尼亚人对他给予了怀疑的好处，就是姑且相信他的无辜，而他们从未愿意给予英国这种怀疑的好处。拿破仑时代的法国可能已经成为了他们已经过去的老朋友，但他们希望法国能够再次成为他们的友好国家；而英国则是他们一生的敌人。
国务卿和总统可以用博学、修辞和（在杰斐逊来看）诗歌来支持这些信念。但信念本身就是第一原则，是其他一切都源于此的公理。杰斐逊和麦迪逊在两个目标和两种偏见上的一致赋予了他们行动的一致性，在很多情况下，也赋予了他们行动的力量。但这也可能使他们看不到某些困难和失败。杰斐逊政府得益于其领导人的团结，同时也深受其害。
麦迪逊接管国务院的时机似乎很幸运。亚当斯总统通过与法国谈判达成了一项条约--《莫尔特封丹公约》，从而化解了XYZ勒索贿赂事件带来的不快，该条约于1800年10月签署。次年，和平成为下一年的普遍现象。试图驯服法国的敌对联盟瓦解了，有点精疲力竭，1801 年标志着欧洲战争的暂停。
麦迪逊的首要任务是解决谁将获得西班牙帝国这个问题？西班牙的领土覆盖了从加利福尼亚到合恩角的一个半大陆。在 18 世纪，西班牙获得了古老的法国统治区路易斯安那州，失去但随后又夺回了佛罗里达州。(两块领土都比现代的同名州大：佛罗里达西部沿墨西哥湾一直延伸到新奥尔良，而路易斯安那则向北和向西延伸到密西西比河和密苏里河的源头）。麦迪逊认为佛罗里达和路易斯安那的一小部分应该属于美国。亚祖（Yazoo）地区的几条河流流经佛罗里达州的潘汉德尔（Panhandle）到达海湾，而密西西比河则是美国内陆从匹兹堡到纳奇兹（Natchez）广大弧形地区的分水岭。如果现在和未来的美国定居者不能自由地通过彭萨科拉、莫比尔，尤其是新奥尔良进行贸易，他们就会像试图住在一栋大门紧闭的房子里一样。
但是，与西班牙打交道就意味着与法国打交道。1795 年，西班牙退出了法国大革命的战争，因为它太弱了，无法与北方邻国作战。1800 年，拿破仑加强了对法国的控制，迫使西班牙将路易斯安那州让给他。就在与美国的莫尔特封丹会议的第二天，他们双方签署了《圣伊尔德丰索条约》（Treaty of San Ildefonso），确认了这笔交易。
法国对《圣伊尔德丰索条约》保密，尤其是对美国保密，因为这是一种威胁，几乎是敌对行为。美国现在发现自己的边界不是与一个衰落的巨人接壤，而是与一个希望重建其海外帝国的超级大国接壤。
尽管欧洲到处都是关于该条约的传言，但麦迪逊直到 1801 年 11 月才确切得知条约的存在。一年后，他得知了更糟糕的消息：仍在管理新奥尔良的西班牙官员关闭了该港口的美国贸易（每年价值 200 万美元），这大概是得到了新主人的批准。
麦迪逊采取了三种应对策略。首先是向法国驻华盛顿代办路易-安德烈-皮雄（Louis André Pichon）讲解地缘政治的命运。他告诉皮雄，路易斯安那是一头大象，遥远而脆弱；法国只有与美国保持友好关系才能拥有它，而法国可以通过割让新奥尔良和佛罗里达来确保与美国的友好关系。(佛罗里达属于西班牙，不属于法国，但麦迪逊认为法国可以做这笔交易）。他还威胁皮雄--杰斐逊也通过其他渠道重复了这一威胁--如果法国表现出敌意，美国将与英国结盟。杰斐逊说："我们必须与英国舰队联姻"。这一威胁意味着，英国和美国将瓜分西班牙帝国。麦迪逊和杰斐逊并不打算让自己与英国舰队联姻，但他们愿意把英国舰队当作一个妖魔使用。最后，麦迪逊为美国在巴黎的外交活动注入了活力。罗伯特-利文斯顿（Robert Livingston）是美国驻巴黎的大使--这是对他从未成为杰斐逊竞选伙伴的安慰奖。1803年春，詹姆斯-门罗作为特别公使加入了他的行列。他们奉命重新获得通过新奥尔良进行贸易的权利--或者以高达1000万美元的价格买下这座城市以及佛罗里达州西部。
这是一种干练而多变的外交，用不同的乐器演奏不同的曲调。拿破仑对此置若罔闻。他派遣了一支由其妹夫维克多-埃马纽埃尔-勒克莱尔（Victor Emmanuel Leclerc）指挥的军队前往圣多明各，也就是今天的海地。如果法国能够平定圣多明各，那么它就有了占领和开发路易斯安那的中转站。
杰斐逊和麦迪逊的敌人联邦党人首先帮助圣多明各的黑人赢得了自由。1790年代末，亚当斯总统向他们提供了海军援助，并派遣了一名美国外交官爱德华-史蒂文斯（Edward Stevens），他是亚历山大-汉密尔顿儿时在岛上的朋友。汉密尔顿亲自为这个新的黑人国家起草了宪法。汉密尔顿最后一次以普布里乌斯的身份露面时，得出的结论是只有军政府才行得通，尽管他建议对权力进行一些内部划分（例如，由将军任命终身法官；由将军大会否决或批准税收）。
1802 年春，海地黑人领袖图桑-卢维杜尔（Toussaint-Louverture）受骗投降（勒克莱尔和拿破仑把他送到法国的一个山顶要塞，他在那里死于肺炎），法国似乎赢得了一场伟大的胜利。但是，解放奴隶的抵抗和黄热病的肆虐在这一年结束前就将勒克莱尔和他的军队一扫而空。
拿破仑一看到在新大陆没有通往帝国的捷径，就决定把注意力转回旧大陆；他通过与美国达成协议来减少损失。1803 年 4 月，惊讶的利文斯顿写信给麦迪逊，说有人向他提供了整个路易斯安那州。门罗几天后抵达巴黎，两位外交官敲定了1500万美元的价格。几个签名之后，美国的面积几乎扩大了一倍。自结束美国革命的条约签订以来，还从未有过如此巨大的意外收获，而这一国家增长的突飞猛进是在不费一枪一弹的情况下实现的。
在家乡，门罗为路易斯安那购地立下了汗马功劳。他姗姗来迟，恰逢交易达成，而且他是弗吉尼亚政府中的弗吉尼亚人。汉密尔顿和古弗努尔-莫里斯注意到，他们的纽约同乡利文斯顿受到了冷遇。莫里斯在写给利文斯顿的信中说："可能我对门罗先生不公正，但实际上我认为他在各方面都是平庸之辈"。因此，纽约州和弗吉尼亚州之间的恶斗仍在继续。
事实上，无论是门罗还是利文斯顿，都不像拿破仑那样值得称赞，因为拿破仑决定让美国成为自己改变计划的受益者。然而，麦迪逊和杰斐逊也功不可没，他们一直在一心一意地寻找扩张的机会，一旦机会来临，他们就会牢牢抓住。寻找吧，你们会找到的。
只有一个问题：杰斐逊和麦迪逊认为路易斯安那购地包括佛罗里达。新奥尔良和佛罗里达是他们的最大目标；尽管他们已经赢得了更多，但他们仍然想要得到他们最初想要的一切。但是，除了想要之外，他们没有更多的理由，他们认为他们实际上已经得到了。拿破仑会利用他们的这个错误。
杰斐逊和麦迪逊决定给另一个超级大国英国上一堂美国独立课。十年前，亚历山大-汉密尔顿对英国特工贝克维少校说："我们用英语思考。"杰斐逊和麦迪逊希望用美式思维来思考问题，而他们用来显示这种差异的工具之一就是礼仪。
共和政府的礼仪是一个未知领域，因为现代模式太少。当华盛顿总统住在纽约和费城时，他每周二下午三到四点都会举行招待会，他在一封信中描述了这种情况。"先生们来来往往，往往人数众多，他们相互聊天，随心所欲。门房带他们进入房间，他们想退就退，没有任何仪式。他们一进门就向我敬礼，我也向他们敬礼，只要能和他们交谈，我就会和他们交谈。这一切有什么华丽的，我无法发现"。华盛顿最后一句话的语气是辩解的，因为其他人发现了他简单的例行公事中的华而不实。起初，批评华盛顿的只是一些反联邦党人，他们认为他过于隆重（他向客人鞠躬，但不握手）。后来，共和党也提出了批评。总统不应该举行招待会；招待会看起来就像皇家早朝。也许，他们甚至打算（如果不是华盛顿，那就是汉密尔顿、亚当斯等人）让公众为君主制做好准备。虽然麦迪逊从未对华盛顿提出过个人批评，但他和所有优秀的共和党人一样，在《国家公报》的一篇文章中对"等级的华丽"颇有微词。
杰斐逊政府的共和党式简朴因新首都的朴素甚至贫穷而得到彰显。但杰斐逊和麦迪逊也将其作为骄傲和原则问题。
杰斐逊总统没有举行招待会；他在白宫为国会议员和外交官等小团体举行晚宴。这样做，他发挥了自己的长处，因为在小团体中，他的谈吐大放异彩。他的厨房和酒窖也是如此。一位联邦党参议员目瞪口呆地写道："酒是我喝过的最好的，尤其是香槟，真的很好喝。我希望他的法国政治就像他的法国葡萄酒一样好"。
作为国务卿，麦迪逊也举办晚宴，发挥自己的长处。他没有杰斐逊的味觉和古怪的才华，但在私下里，麦迪逊表现出了智慧和幽默。一天晚上，他提议做一个实验，看看需要喝多少瓶香槟才能在第二天引起宿醉。(麦迪逊的另一个优点是他的妻子。由于杰斐逊是个鳏夫，多莉在汉娜-加勒廷的帮助下，成为了政府的非官方女主人。
1803 年 12 月，杰斐逊在内阁的建议下撰写了一份备忘录《礼仪规范》，正式确定了共和国社会生活的原则。在传统的外交礼仪中，公使（或大使）的级别高于代办和公使馆秘书。现在，所有外交官都被认为是平等的，所有美国人都被认为与他们平等。在晚宴或其他公共场合，绅士应优先于女士，但在其他场合，行为应遵循"平等原则，或称pêle-mêle"。"Pell-mell"--杰斐逊的拼写反映了这个词的法语来源--并不是一个最适合外交场合使用的词。它的意思是混合或混杂，可能带有混乱甚至暴力的味道。莎士比亚（《亨利四世》第一部）在描述一场叛乱时使用了这个词："一片混乱"。
在英国公使看来，共和"政府"（pêle-mêle）第一次出现时就已经足够混乱了。1803 年秋，安东尼-梅里被派往华盛顿。梅里并不是什么在外交界混日子的贵族，而是一个酒商的儿子；一个美国人形容他"朴实无华、和蔼可亲"。但他也是一个传统的英国人，一个传统的职业外交官。因此，当他在 11 月底第一次拜访总统时，杰斐逊穿着拖鞋接待了他，这让他感到非常惊讶。次月初，他第一次在白宫用餐时，杰斐逊没有带主宾的妻子梅里夫人上餐桌，而是带着多莉-麦迪逊（Dolley Madison）。(几天后的晚上，在国务卿家用餐时，麦迪逊带汉娜-加勒廷（Hannah Gallatin）上餐桌，这让他非常生气。根本没有人照顾梅里夫人，把护送她的工作留给了梅里自己。
政府对法国的好感让这些冷落变得更加糟糕。1803 年 12 月，拿破仑最小的弟弟杰罗姆-波拿巴迎娶了巴尔的摩史密斯家族（罗伯特仍是海军部长，塞缪尔现在是参议员）18 岁的侄女伊丽莎白-帕特森。事实上，拿破仑并不喜欢这门亲事：他想要的是欧洲皇室姻亲，而不是北方佬。但共和党人华盛顿却对此津津乐道。杰斐逊在白宫宴请了这对年轻夫妇，罗伯特-史密斯为他们举办了一场盛大的舞会。
伊丽莎白引起了轰动。多莉的一位女性朋友写道："成群结队的男孩......围着她看，我希望在这个国家不会经常看到的是，一个几乎赤身裸体的女人...."。她的衣服是最薄的丝绸和白色绉纱"。Sarcenet是一种丝织品，通常用于内衣--但伊丽莎白-波拿巴将其用作外衣时除外。"她的背部、胸部、部分腰部和手臂都没有遮挡，其余部分一览无余"。她的脸庞也令人目不转睛。吉尔伯特-斯图亚特（Gilbert Stuart）为她画了一幅梦幻般的肖像画，画中有三张脸--侧面、半侧面和全正面，似乎他对她爱不释手。
如果说波拿巴的婚姻没有改善与法国的关系，那么它却恶化了与英国公使的关系。法国代办皮雄轻描淡写地指出，波拿巴夫妇在华盛顿的出现"给梅里先生带来了新的悲伤"。
杰斐逊、麦迪逊和他们的同事们有一个严肃的社会和意识形态观点：新的政府形式需要新的礼仪，他们认为英国仍然是世界上对共和制的最大威胁。但他们的软弱无能令人震惊：1803年5月，英国和法国重新开战；这场较量很快就会涉及整个欧洲。世界不是一个辩论的社会；在没有计划的情况下进行挑衅是不明智的。路易斯安那购买案已经冲昏了他们的头脑。
在这个自信和成功的时刻，麦迪逊为自己画了一幅最好的肖像。吉尔伯特-斯图亚特在华盛顿开了一家画店，除了可爱的伊丽莎白-波拿巴，他还为外交官、当地的大人物以及詹姆斯-麦迪逊和多莉-麦迪逊作画。在他们的肖像画中，多莉的眼睛炯炯有神，嘴角微微含笑；麦迪逊穿着他成年后一直沿用至今的服装--全黑色，领口有一条白色领巾。他的头发涂了粉，两边留长，挽成一个发辫（这一造型已经开始显得过时）。他的头发在额头上达到顶峰，向两侧后退--发际线突出了他的头部，以及内部的大脑。他的表情平静而坚定。多莉在谈到斯图尔特的作品时写道："他把我们塑造得相当漂亮"。
在杰斐逊的第一个任期内，麦迪逊的一位同事在制宪会议上暴毙。
北卡罗来纳州的理查德-多布斯-斯拜特在大会开幕当天就来到了费城。他发表了十几次演讲，有一次还和麦迪逊一起努力争取参议员的长期任期（正如麦迪逊所说，是为了让政府"稳定"）。宪法批准后，斯拜特先后担任本州州长和国会议员。1802 年 9 月，他在一次决斗中被政敌枪杀。
近两年后，麦迪逊的另一位前同事亚历山大-汉密尔顿也遭遇了同样的命运。1804 年 7 月，这位前财政部长被副总统亚伦-伯尔决斗中枪杀。
自 17 世纪 90 年代初以来，汉密尔顿和伯尔一直是纽约政坛的竞争对手。在 1800 年总统选举的最后阶段，联邦党人希望利用选举团中的平票让伯尔当上总统，汉密尔顿曾敦促他们接受杰斐逊。"他在给古弗努尔-莫里斯（Gouverneur Morris）的信中写道："如果这个世界上有我应该憎恨的人，那就是杰斐逊。我个人对伯尔一直很好。但公共利益必须是最重要的"。汉密尔顿为何如此敌视伯尔？如果麦迪逊知道的话，他可能会感兴趣。在汉密尔顿看来，杰斐逊的原则不好，但伯尔没有原则。"没有理论是一种建议吗？"汉密尔顿问另一位联邦党人。他认为，如果没有理论，伯尔一定会完全被野心所支配。
1804 年春，汉密尔顿重复了这些论点。被杰斐逊抛弃的伯尔希望通过竞选纽约州州长来安排自己副总统后的未来。但由于该州共和党支持乔治-克林顿钦点的候选人，伯尔不得不以联邦党人的身份参选。汉密尔顿再次恳求他的政党不要支持伯尔。与 1800 年的总统大选不同，1804 年的纽约州州长竞选根本没有悬念。伯尔被击垮了，决定挑战他的克星。两人各开一枪。汉密尔顿的一枪打得又高又远；伯尔的一枪则刺穿了汉密尔顿的肝脏，扎进了他的脊椎。
杰斐逊和麦迪逊当时都没有多谈他们死去的敌人。在给门罗的一封信中，麦迪逊顺便提到了"伯尔和汉密尔顿之间的冒险"。多年后，他对此有了更长远的看法。
当华盛顿-欧文的文友詹姆斯-保尔丁写信给年迈的麦迪逊，询问早已去世的其他创始人的传记细节时，麦迪逊回答说："[汉密尔顿先生]拥有一流的智力，正直和荣誉的道德品质令人着迷，这已由现在普遍的选举权判定"。麦迪逊的散文中充斥着大量十八世纪的内容。通常情况下，这只是他的写作方式，但有时也有目的。在这里，被动语态几乎使麦迪逊免于评判。麦迪逊接着说："如果[汉密尔顿的]政府理论偏离了共和政体的标准，他就会坦率地承认这一点，而更大的优点是，他忠实地配合成熟和支持一种并非他所选择的制度"。具有讽刺意味的是，这与汉密尔顿支持杰斐逊而不是伯尔的决定如出一辙：汉密尔顿的理论是错误的，但至少他有自己的理论，而且他还是义无反顾地支持了杰斐逊。
在信的末尾，麦迪逊的情绪有些激动。在决斗的前几天，汉密尔顿拜访了一位朋友的办公室，在那里他把一张纸条塞进了书架上的一本书里，上面写着联邦党人文件的作者。汉密尔顿把太多的论文声称是自己写的；在他的叙述发表后，麦迪逊不时漫不经心地澄清事实。他现在告诉保丁，汉密尔顿的"错误陈述是非自愿的。. . ..他不可能有任何非分之想”。他的心是纯洁的，尽管他的原则并不纯洁。
两位纽约人被扫地出门，一位是才华横溢的智者，一位是精明能干的政客。在 1804 年的总统大选中，无论杰斐逊多么才华横溢，多么精明能干，都无法与他抗衡。加勒廷削减了税收；杰斐逊和麦迪逊维持了和平，并获得了路易斯安那州。卡伦德的垃圾话被置之不理。
这次选举避免了 1800 年的尴尬平局，这要归功于 1804 年 6 月批准的第十二修正案，该修正案将总统选票纳入了宪法。在 1804 年以及此后的历次选举中，每位选举人都在"不同的选票"上为总统和副总统各投一票。这一次，杰斐逊的竞选伙伴是一位纽约人，麦迪逊没有什么理由害怕他--65 岁的乔治-克林顿（George Clinton），他结束了 21 年的州长生涯，并期待担任副总统作为"体面的退休"。联邦党人推举了四年前亚当斯的竞选搭档查尔斯-科茨沃斯-平克尼和制宪会议的另一位老将鲁弗斯-金。
结果毫无悬念。在 17 个州（俄亥俄州于 1803 年加入联邦）中，杰斐逊和克林顿赢得了 14 张选举人票，外加马里兰州的 9 张选举人票。平克尼和金在马里兰州赢得两票，只在康涅狄格州和特拉华州赢得两票。选举人票总数为162票对14票。共和党席卷了众议院和参议院五分之四的席位。
胜利再完美不过了。
