与托马斯-杰弗逊的就职典礼相比，詹姆斯-麦迪逊的首次就职典礼的时候华盛顿的建设更加完善了。1801年3月，国会大厦只有北翼或参议院侧翼完工，杰斐逊就是在那里宣誓并发表就职演说的。麦迪逊则在南翼的新众议院发表讲话。
他的讲话简短，只有七段，一开始就承认美国面临"困难"，但否认上届政府做了任何导致困难的事情。他说，美国"通过遵守正义来培育和平....。如果世界是坦诚的，"世界就会承认这一点。由于对世界的坦诚有所怀疑，他补充说"至少后人"会承认这一点。
他相信自己的”宗旨”和”原则"，主要包括中立、支持宪法、发展经济和有限的军事力量。他希望得到美国同胞、政治家同僚和上帝的更多帮助。麦迪逊温和的演说是一种持之以恒的行动，他承诺自己将继续坚持同样的原则，并希望世界能提供更好的帮助。显然，他的演讲比他以前经常做的要好，因为旁听席上的一位观众写道，他在那里听得很清楚【而不是像以前那样，人们总是听不清他说什么】。
当天，总统在国会山宾夕法尼亚大道旁的一家酒店举行了就职舞会，现在国会图书馆就在那里。多莉-麦迪逊闪亮登场，但此时的总统看起来有些"忧愁"。
麦迪逊看起来沮丧，但这没关系；他妻子的工作就是在这种场合发光，在任期之初，她就开始着手搭建一个合适的舞台。她请来了本杰明-亨利-拉特罗布（Benjamin Henry Latrobe）作为布景设计师，他是英国出生的建筑师，1790 年代移居美国。拉特罗布认识杰斐逊，曾帮助他完成了白宫的设计。但麦迪逊夫人希望白宫不仅仅用来举行私人晚宴。她和拉特罗布计划建造一个会客厅和一个客厅，用于举办大型活动。
客户和设计师很快就吵了起来：拉特罗布为麦迪逊夫人对窗帘（深红色天鹅绒）的品味而烦恼。对她的配色方案和道具的描述--钢琴、鹦鹉、吉他--暗示了 19 世纪杂乱无章和糜烂的早期迹象；帝国、比德迈尔（Biedermeier）和维多利亚风格在地平线上若隐若现，随时准备席卷而来，让人窒息。但多莉-麦迪逊了解自己和她的听众的品味。白宫的客人们对她的外向和魅力赞不绝口。华盛顿-欧文（Washington Irving）是一位善于观察的年轻外乡人，他描述了一次参观白宫的经历。”我从泥土和黑暗中走出来，来到麦迪逊夫人炽热华丽的客厅。在这里，我受到了最热情的接待--发现这里挤满了大人物和小人物、丑陋的老妇人和年轻漂亮的....。麦迪逊夫人是一位身材匀称、丰满的贵妇人，她对每个人都面带微笑，言语和蔼可亲"。然而，总统却给人留下了不好的印象。"啊！可怜的杰米！他不过是个枯萎的小苹果约翰"（苹果约翰是指苹果在仓库里放得太久）。多莉是否应该缓和一下语气，让杰米看起来好一些呢？不；你必须打好手中的牌，虚张声势。
麦迪逊在组建自己的政府时遇到了更多的麻烦。他想把阿尔伯特-加勒廷从财政部调来担任自己的国务卿。管理美国的外交政策问题将是他的工作重点，除了他自己和杰斐逊之外，他还希望得到共和党最优秀人才的帮助。
然而，参议院却不同意--不仅是联邦党人，因为他们人数太少，无法独自阻止任何事情，而是还有麦迪逊自己党内的成员。现在麦迪逊当上了总统，避雷针的角色就落到了加勒廷身上。这位财政部长聪明、诚实，而且是一位目光敏锐的赤字鹰派人物，在国会中树敌颇多。
让加勒廷担任国务卿还引发了一个严重的给谁封官的问题。大多数共和党人都支持麦迪逊，让他击败门罗、克林顿和平克尼当选总统。现在，获胜团队的每个成员不都和其他人一样有权享受成功的果实吗？
弗吉尼亚州的资深参议员威廉-布兰奇-吉尔斯想自己担任国务卿。自 1790 年以来，他几乎一直是众议院或参议院的议员。他拥有弗吉尼亚州伟大同僚们的看法，却没有他们的能力。另一位参议员、马里兰州的塞缪尔-史密斯（Samuel Smith）希望他的弟弟、杰斐逊的海军部长罗伯特（Robert）能执掌国务院。约翰-伦道夫（John Randolph）因叛逆而沦为怒斥者的角色，他写道，罗伯特-史密斯比吉尔斯是更好的选择，因为"他会拼写"。
吉尔斯和塞缪尔-史密斯是参议院派系的核心人物，他们都是共和党人，但更多的是为了自己的权力和福利，而不是对党的忠诚。第三位成员是宾夕法尼亚州的迈克尔-莱布（Michael Leib），他是早期的城市大机器政治家，代表费城的德国和爱尔兰移民，并得到《曙光》编辑威廉-杜安（William Duane）的支持。如今，这样的国会议员被称为"老公牛"；而吉尔斯、史密斯和莱布则被称为"隐形人"。在麦迪逊看来，"隐形人"已经足够显眼，如果他公开挑战他们，可能会引发党内纷争。
麦迪逊试图拉拢史密斯参议员，提出让他兄弟罗伯特担任财政部长，作为让加拉廷去国务卿的交换条件。但这一举动遭到了加勒廷的反对。如果罗伯特-史密斯去了财政部，加勒廷知道他不仅要做史密斯的工作，还要做自己的工作。加勒廷是个好士兵，无论分配给他什么工作，他都会去做。但他只想做一件事。麦迪逊最终把国务院的位置让给了罗伯特-史密斯，因为他知道，到时候要做史密斯工作的人将会是他自己。
搬走史密斯，海军部就出现了一个空缺；杰斐逊的秘书亨利-迪尔伯恩即将离开的陆军部也出现了一个空缺。麦迪逊挑选了南卡罗来纳州的种植园主兼政治家保罗-汉密尔顿（Paul Hamilton）担任海军部部长；一位马萨诸塞州医生，独立战争期间曾担任陆军外科医生，并曾在国会任职两届的威廉-尤斯提斯（William Eustis）担任陆军部部长。八年前和平时期，军事部门似乎并不严肃，但那个时代早已一去不复返了。汉密尔顿和尤斯提斯提供了南北方的派系平衡，是优秀的共和党人。否则，他们似乎就是无足轻重的人物。但后来发现，他们会更糟。
作为总统，麦迪逊解决了一个让他在担任国务卿期间感到沮丧的问题。多年来，麦迪逊一直徒劳地争辩佛罗里达半岛已经和路易斯安那州一起卖给了美国，或者徒劳地敦促法国迫使西班牙交出佛罗里达半岛，1810 年，他干脆拿走了佛罗里达半岛的一半。夏天，美国定居者攻克了密西西比河东岸巴吞鲁日（Baton Rouge）的一座西班牙要塞，该要塞距新奥尔良上游80英里。10 月，麦迪逊让路易斯安那州的州长派遣军队，州长照办了，一直向东到达莫比尔。这一行动是通过总统公告完成的，不用麻烦国会，它表明，正如路易斯安那购并案在更大范围内表明的那样，共和党总统在其外交政策利益明确的情况下，可以迅速、果断，甚至不择手段地采取行动。
英国及其与法国的战争是麦迪逊最棘手的问题。超级大国之间的战争持续了 15 年之久，只有短暂的间歇，是一场真正的生死之战。英国统治着波涛汹涌的大海，法国统治着欧洲大陆。但英国相信自己已经找到了出路：1808 年，西班牙起义反抗法国的霸权，英国在半岛上部署了一支军队以利用这个机会。两个交战国都不可能对美国有太多的考虑。
然而，麦迪逊刚刚就任总统数周，就迎来了一笔意外之财。国会在终止禁运的同时，以《不干涉法》取而代之，禁止与英国、法国及其殖民地进行贸易，但允许与中立国进行贸易。每个人都明白，转运和潜规则允许与交战国进行秘密贸易；国会用受虐狂的自尊换取了有利可图的不诚实。
现在，1809 年春，英国驻华盛顿公使戴维-厄斯金（David Erskine）【12】 公开地提出重新开放与英国的自由贸易。他告诉罗伯特-史密斯（Robert Smith），英国将废除其枢密院令，并归还在切萨皮克被抓的海员（被绞死的那个除外）。只要禁止与法国及其帝国进行直接贸易，英国甚至会对美国人的破损航程睁一只眼闭一只眼。作为回报，史密斯（在麦迪逊的指导下）向他口头保证，《不干涉法》将继续对法国有效。双方都很满意，6月，大西洋上涌入了大量驶往英国港口的美国船只。
7 月，麦迪逊前往蒙彼利埃避暑，在那里他得知这一切都是错误。厄斯金希望达成一项协议作为自己的战利品，他超越了他得到的指示。他在伦敦的上司要求禁止法国贸易必须是英美和解的明确组成部分，而不是君子协定，他们坚持要严格解释1756年的规则。由于美国没有接受这些条件，英国的贸易限制仍然有效。局势又回到了原点—只是两国关系因为虚假的解冻而变得更加冷淡。麦迪逊缩短了假期，回到华盛顿，向杰斐逊抱怨英国的"欺诈和愚蠢"。
1809 年夏末，伦敦派来了一位新公使弗朗西斯-詹姆斯-杰克逊（Francis James Jackson），但他并不打算修补关系。两年前，杰克逊作为英国远征军的随军外交官，被派去夺取丹麦海军，以免其落入拿破仑之手，当时他就展示了自己对待中立国的态度。在丹麦人拒绝了杰克逊关于舰队的要求后，英国人轰炸了哥本哈根，杀害了数百名平民，直到交出船只。杰克逊没有把舰队带到华盛顿，但他带来了自己的脾气和妻子。杰克逊认为麦迪逊是"一个相貌平平、相当卑鄙的小人"，他的政府是"暴民"，有"暴民领袖"。他的妻子，一位德国男爵夫人，称多莉为"资产阶级的漂亮胖女人"（une bonne, grosse femme, de la classe bourgeoise）。在经历了几次无利可图的外交冲突后，杰克逊一家先后搬到了巴尔的摩、纽约和波士顿。即使离开了华盛顿，杰克逊夫人仍然忍受着"可恶的"食物和"没什么特殊的"马德拉酒。
伦敦对厄斯金的否定和杰克逊家族在美国的傲慢在政治上帮助了麦迪逊：在那些曾因禁运而遭受损失的州，仇英情绪的高涨为共和党人带来了好运。
但是，对英国人的佯装和情绪作出反应是一回事。麦迪逊和国会必须制定自己的美国政策。1810年春，国会通过了一项以北卡罗来纳州共和党人纳撒尼尔-麦肯（Nathaniel Macon）命名的法案，向英国和法国开放贸易。如果两国中的任何一国废除其限制性法令，那么美国将在三个月内禁止与另一国的贸易，除非该国也放弃限制。随着麦肯法案的提出，共和党通过贸易增强实力的理论陷入了软弱无力的境地。美国将屈服于两个恶霸的打击，但是站起来反抗最后停止打击我们的那个恶霸。
麦迪逊仍然渴望实行禁运。”新的努力太迟了”，他在杰斐逊的信中写道，美国人将看到它【禁运】的"便利性和有效性"。但出人意料的是，8月拿破仑似乎接受了美国的提议。他的外交大臣卡多尔公爵给美国驻巴黎公使约翰-阿姆斯特朗（John Armstrong）写了一封信，宣布废除柏林法令和法国的其他限制措施。卡多雷还说，拿破仑"喜欢美国人"。麦迪逊于 11 月接受了法国的撤销。
不管拿破仑怎么喜欢，但卡多尔的信中却包含了一个免责条款：他写道，"我们的理解是"，英国也会放弃其枢密院令。由于这种情况尚未发生，法国可以继续随心所欲地扣押美国船只（拿破仑私下说："我们什么也不承诺"）。厄斯金曾表示过友好，但英国又收回了。法国没有什么可以收回的，因为卡多尔提出的友谊一开始就是虚假的。一些美国人看出了其中的漏洞。约翰-伦道夫（John Randolph）就像一个停摆的钟表，偶尔也是对的，他抨击了法美休战。"这是一场由轻信和低能 与狡猾和强权达成的交易”。
就像入侵佛罗里达西部一样，它也最终实现了麦迪逊的一个目标。它解除了（名义上的、如果不是实际上的）与法国的关系，同时也把解除与英国关系的责任推给了英国。除非英国采取行动，否则我们将在1811年3月实施不干涉政策。慢慢地，几乎是无意识地，麦迪逊通过旁敲侧击，引导美国与英国决裂。当有疑问时，他总能回到仇英主义上。这是麦迪逊的自然平衡点。
1811 年 3 月是麦迪逊任期的中点，他对内阁进行了改组，展现了他作为政治家和行政官员的能力。
他把詹姆斯-门罗拉回了阵营，这是长期争取的结果。一年来，这位落选的总统候选人一直躲在自己的帐篷里。杰斐逊则在台下努力拉拢他的两位门生。1810 年春，门罗访问华盛顿，麦迪逊"确实非常友好地...."接待了他。事实上，门罗写道，"我可以证明在那里从每个人都得到了善意"。麦迪逊夫妇做了在门罗位于蒙蒂塞洛附近阿尔伯马尔郡的新家海兰回访。
一旦恢复了善意，就必须挽回面子。1811 年春天，麦迪逊向门罗保证，他们之间的分歧是政治绅士可以协商的。总统在信中写道：”即使是在那些在总体观点上最为一致的人之间，也必能看到意见分歧。然而，这些分歧完全在自由协商和相互让步的范围之内”。因此，【门罗在英国订的】条约被否决的人和否决条约的人可以合作。
麦迪逊所能提出的最重要的条件无需多言。如果门罗再次成为他的盟友，那么门罗也可以成为他的继承人--下一个入主白宫的弗吉尼亚人（杰斐逊比麦迪逊大八岁，麦迪逊比门罗大七岁，他们的年龄间隔非常合适）。于是，弗吉尼亚王朝诞生了。一个弗吉尼亚共和党人入主白宫是一件大事，而两个共和党人入主白宫则是一种合作关系。三位共和党人入主白宫的前景就像是皇室的继承行为。弗吉尼亚共和党人像蝉一样顽固地指责联邦党人渴望君主制，但他们已经建立了等同于选举制的继承制度。约翰-伦道夫（John Randolph）一看情况不妙，就永远放弃了门罗，把他和杰斐逊、麦迪逊一起归入了被诅咒者的行列。但他是个怪人，是个异类。弗吉尼亚王朝安排了未来，巩固了麦迪逊在本州的基础。
门罗担任总统还有两或六年的时间。在此期间，他需要一些具体的标志来证明自己的继承人地位--麦迪逊也需要他的帮助。麦迪逊在与门罗完成交易的同时，解除了罗伯特-史密斯（Robert Smith）的职务，为他在内阁中留出了一个空缺。
与史密斯共事两年后，麦迪逊对他的国务卿抱怨的是不团结和轻率。史密斯不同意政府的政策，并告诉了别人。他将外交消息传递给国会中的联邦党人（史密斯的兄弟、参议员塞缪尔代表巴尔的摩的商人，他们和联邦党人一样，有理由抱怨政府起伏不定的贸易政策）。他甚至批评了美国对卡多尔写给英国外交官的信的反应（史密斯兄弟可以把侄女嫁给波拿巴，同时又同情英国）。麦迪逊在3月的一次会议上向罗伯特-史密斯质问这些背叛行为，并告诉他"补救措施已必不可少"。为了缓和从国务卿位置解职的打击，麦迪逊提出让史密斯出任驻俄国公使。史密斯询问是否可以派他去英国或最高法院，但当麦迪逊坚持己见时，他似乎也愿意去圣彼得堡。
然而，麦迪逊与史密斯的会面既揭示了总统的一些事情，也揭示了这位即将成为前国务卿的一些事情。在给自己的备忘录中，麦迪逊写下了详细的叙述，其中他显得既胆怯又冷嘲热讽。他扯这个绷带的速度很慢，最大程度地刺激了自己。他把自己的批评藏在被动的结构后面—“早就被感觉到了，而且终于变得臭名昭著"，"这是众所周知的"，"这不是什么秘密"--然后突然猛烈抨击史密斯，告诉他他的外交信函"如此粗糙和不足，以至于我......一般不得不自己重新写"。麦迪逊沉浸在自怨自艾之中：他"不断帮助......履行[史密斯的]职责"，他为史密斯的"信用""劳心劳力"，史密斯的工作"......都扔给了我"。麦迪逊解雇史密斯的真正原因似乎是他积压的愤怒，因为他让他从事这份工作并一直留着他，为一个不称职的人打掩护。现在他要把这个人推给沙皇。
在麦迪逊之前，已有两位总统失去了他们的国务卿。情况从来都不乐观。在关于杰伊条约的辩论中，乔治-华盛顿怀疑埃德蒙-伦道夫与法国人进行了秘密交易；当他要求伦道夫做出解释时，伦道夫辞职了。约翰-亚当斯决定修复与法国的关系后，他解雇了蒂莫西-皮克林（Timothy Pickering）和战争部长詹姆斯-麦克亨利（James McHenry）（他多年来一直对两人不满）。华盛顿笨拙地处理了他的问题，但他处理得很快，除了私下感叹了一句脾气不好之外，没有对此发表任何评论。亚当斯当面解雇了麦克亨利，他的脾气就像烟花表演一样（皮克林收到了一封信）。麦迪逊表达自己脾气的方式与亚当斯不同--发脾气、生闷气而不是发火。但他的行为更像亚当斯，而不是华盛顿--更像他蔑视的人，而不是他崇拜的人。
他为什么把史密斯背了两年？这样做是为了避免在参议院中挑起自己党内的斗争。(罗伯特-史密斯从来不是一个人，而是与塞缪尔联系在一起的政治连体婴）。但为什么党内和平会成为麦迪逊的首要任务呢？麦迪逊是一位敏锐的政治家，但他最熟悉的政治是立法机构、委员会和党内会议。作为立法者和政党领袖的麦迪逊是一个联盟的建立者，而每一个足以统治的联盟都会有一部分傻瓜、无能者和麻烦制造者。他们每个人都有一票，你需要每一票才能获胜。相比之下，行政人员则专注于手头的任务。已故的汉密尔顿曾在《联邦党人》中解释道”行政人员的精力是好政府定义中的主要因素”。对行政人员来说，来自不令人满意的同事的重压，不是一种利弊权衡，而是一种致命的损失，必须尽快抛弃。麦迪逊之所以能让门罗回来，他所具备的品质--柔顺、一点省事的虚伪--也让他拖着史密斯度过了两年艰难疲惫的时光。
史密斯对圣彼得堡考虑了一周后，告诉麦迪逊他终究不会去那里。他说，俄国使团只是"摆脱他的权宜之计"。他以他的一堆朋友的愤怒威胁麦迪逊，离开了白宫和政府。门罗立即取而代之。6 月，史密斯发表了一篇攻击麦迪逊和为自己辩护的文章。这当然先是称为一个丑闻然后也就结速了，这种事情通常都是这样：我们可以被失败者和他们所揭露的事情所刺激，但没有人真正喜欢他们。麦迪逊没有回答，而是把污言秽语告诉了那些为他抨击史密斯的盟友。因此，麦迪逊赢得了这一回合，尽管造成这种局面的坏习惯—消极怠工、过分关注党内动态--依然存在。
门罗来了，史密斯走了，国会也结束了一届会议。(跛脚国会一直开到次年的 3 月；除非召开特别会议，否则他们的继任者要到春夏休会后才开会）。国会在 1810 年秋天接受了卡多雷的信件，并给了英国三个月的时间来废除其枢密院令。当英国没有这样做时，国会于1811年2月投票决定实行强制禁运政策。这是迈向战争的一步。
与此同时，国会还采取了一项使战争难以进行的措施，即允许美国银行失效。该银行的20年特许状将于1811年3月初到期。二十年前，麦迪逊曾在众议院与该银行抗争，并向华盛顿提出上诉，质疑其合宪性。
但是，无论加勒廷多么不赞同联邦党人的经济政策，他都认为银行是一个有用且高效的工具。当他刚接手财政部时，杰斐逊曾要求他寻找汉密尔顿金融诡计的证据（杰斐逊确信汉密尔顿是个骗子，也是个君主主义者）。加勒廷却报告说："我发现了有史以来最完美的制度"。加勒廷现在极力游说国会将银行再特许二十年。他需要游说：盖尔斯、史密斯和莱布反对重新特许，一方面是为了促进本州小银行的发展，另一方面是为了报复加勒廷，其他共和党人也不愿意推翻本党的历史性立场。
麦迪逊在哪里？他转而支持加勒廷的立场。当麦迪逊是个老人时，他写道，银行的合宪性已经在其长期存在中得到了解决：二十年的运作，"在不同党派的主导下"--联邦党人和共和党人--"相当于国家判断和意图的必要证据"。他在1791年和整个十年间，直到弗吉尼亚决议，都认为银行是违宪的。但国会和国家一直都接受了它，1801年后，胜利的杰斐逊主义者也继续接受了它。这足以"推翻个人意见"。麦迪逊在1791年提出的观点是有道理的，甚至可能是正确的，但（就像他在制宪会议上提出的一些论点一样）他的这个观点也败下阵来。
但是，麦迪逊在1811年这个关键时刻不愿为银行辩护，因此加勒廷不得不亲自上阵。多年后，加勒廷写道，麦迪逊"表明了他的观点"，即银行符合宪法。但他并没有强有力地表明自己的观点，尽管那时候的总统不像现在这样带头表态，但在必要时，他们可以明确表明自己的想法。麦迪逊的沉默留下了令人困惑的空白。他在1791年反对银行的论点被报纸转载；甚至有传言说，他在改变了一次想法后，又变了回来，再次反对银行。麦迪逊从未解释过他为何在 1811 年保持沉默，因此人们必须猜测他的原因。最好的猜测是他不想显得前后矛盾。但政治家都会改变主意。人们希望，他们不会经常改变主意，不会出于轻率或腐败的原因，也不会（除非在特殊情况下）在根本问题上改变主意。但政治家确实会改变主意，当他们改变主意时，他们必须说明原因，或至少说出来。如果他们不这样做，就不能指望其他人会追随他们。
对美国银行的投票结果要多接近有多接近。众议院投票决定推迟行动，等待参议院。参议院以17票对17票（7名共和党人和10名联邦党人赞成重新特许，17名共和党人反对）的结果分裂。副总统乔治-克林顿（George Clinton）作为议长，以宪法为由，以反对票打破了平局："没有明确授予创建公司的权力"。麦迪逊的老调比别人利用击败了麦迪逊政府。作为政策的执行者和人的行政领导，他都失败了。
1811 年秋季召开的新一届国会是第十二届国会，它是美国历史上第一个不是由开国元勋主导的国会，也不是由受其影响的小伙伴主导的国会。国会的领导者是一批新成员，他们都是共和党人，既年轻又有主见。其中最著名的两位是肯塔基州众议员亨利-克莱和南卡罗来纳州众议员约翰-卡尔霍恩。年仅34岁，克莱已经完成了因别人辞职而未完成的两个参议院任期。他在众议院的第一天，也就是新众议院开会的第一天，就当选为议长。克莱让二十九岁的卡尔霍恩进入外交关系委员会。
在前一年的一次参议院演讲中，克莱宣布了新一批人的到来。其中的关键句子痛心疾首地表达了代际间的钦佩、摒弃和向往。"我们自由的杰出缔造者们枯萎的手臂和布满皱纹的眉头忧郁地表明，他们不久将离开我们。. . ..我们将需要一个新的英雄族群的存在和活生生的榜样来取代他们的位置，并激励我们维护他们所取得的成就不受侵犯"。
1811 年，杰出的创始人麦迪逊总统年满 60 岁。克莱和他的同僚们并没有像史密斯们那样争夺职位，也没有像伦道夫那样为谁比杰斐逊更像杰斐逊而争吵不休；他们在向前辈们表示敬意的同时，声称自己有权统治，因为他们更有活力。麦迪逊和第十二届国会可能想要同样的东西，但他们会用不同的语气来表达。克莱通过让卡尔霍恩等志同道合的年轻议员组成委员会，并通过执行纪律来维护他对众议院的统治：伦道夫有不少小怪癖，其一是带狗上班。当他带着狗进入众议院时，克莱让门卫把狗赶走，
第十二届国会更有活力，但这并不意味着它总知道如何处理国家事务。国会投票决定扩充陆军和装备海军。然而，他们推迟了增税，直到真正宣战。政府的三大收入来源是贷款、关税和税收。在没有美国银行的情况下，贷款变得更加困难；禁运和战争削减关税收入；而共和党历来是低税率的政党。国会一边在脱衣备战，同时将一只手绑在背后。
与此同时，麦迪逊和国务卿门罗竭尽全力唤起国家的战斗精神。1812 年初，他们得到了一个不同寻常的机会。另一位杰出的国家创始人、现任马萨诸塞州共和党州长埃尔布里奇-格里（Elbridge Gerry）遇到了一个爱尔兰人约翰-亨利（John Henry）和法国人爱德华-德-克里永伯爵（Count Edward de Crillon）。亨利说，他已经在新英格兰走动了几年，向加拿大总督报告了联邦党人的不满情绪。他现在对英国应该给他付款的人很不满，他和他的朋友克里永愿意把他们的信件卖给美国。格里给麦迪逊写了一封介绍信，两人前往华盛顿，门罗以5万美元的价格买下了这些信件。3 月初，麦迪逊将这些信件送交国会。
他希望展示英国人和联邦党人的阴谋，但亨利的信件却适得其反。经过仔细研究发现，亨利在新英格兰的线人都不知道他是英国特工，也没有参与实际的叛国阴谋。与此同时，美国驻法国公使告诉麦迪逊，根本不存在爱德华-德-克里永这个人。"克里永"实际上是一个骗子。他说，当他的身份暴露时，他已经离开美国，去参加法国入侵俄国的行动了。
然而，亨利的信中提到了一个事实：联邦党人，尤其是新英格兰的联邦党人，心怀不满。1804年分裂阴谋流产的领导人蒂莫西-皮克林在1811年共和党人夺取马萨诸塞州议会席位时失去了参议员席位，但新英格兰联邦党人仍对他怀有敬意。他们憎恨拿破仑统治下的法国，就像憎恨断头台下的法国一样；在他们眼中，英国是对抗拿破仑的唯一堡垒，而麦迪逊则是法国的受骗者。今天他相信卡多雷的信，明天他又相信克里永伯爵。如果他把美国带入战争，他可能会重新唤起联邦党人的爱国热情，但同样也可能把联邦党人弄成疯子。
春去夏来之际，麦迪逊的对英外交政策到了危机关头。几十年来，他一直试图通过商业限制（包括禁运）来约束英国。作为总统，他曾威胁要再次实施商业限制。拿破仑声称会屈服于他的威胁，但英国却岿然不动。一年前，禁运已经来临，但英国仍不废除其枢密院令。
因此，1812 年 6 月 1 日，麦迪逊向国会递交了一份战书，列举了美国对英国的不满。他以"在万国大道上践踏美国国旗"作为开头。文告的正文涉及枢密院令中"复杂而极端的不公正"。他不会放过约翰-亨利--"一个秘密特工......受雇于阴谋诡计"。.受雇于阴谋"（人们对内部消息情有独钟，即使这些消息毫无价值）。最后，他提出了一个不满，这个不满有时会被东海岸的政治活动以及华盛顿、伦敦和巴黎之间的外交活动所掩盖，但对于身处边疆的美国人来说却是鲜活的--"野蛮人刚刚重新挑起战争"。
在过去的七年里，两位肖尼族人，滕斯卡塔瓦和特库姆塞，在现在的中西部地区领导了一场印第安人的复兴运动。滕斯卡塔瓦自称是先知，他宣扬节制，并表示可以抵挡白人的子弹。他的孪生兄弟特库姆塞是一位政治家，曾寻求与亚祖国的印第安人和加拿大的英国人结盟。杰斐逊已经把美国的边界推到了落基山脉；一个由英国支持的印第安人敌对联盟可能会把他们推回俄亥俄州和佐治亚州。1811年11月，印第安纳州总督威廉-亨利-哈里森（William Henry Harrison）攻占了那兄弟俩的老巢，即蒂佩卡诺溪（Tippecanoe Creek）上的一个定居点，并将其烧毁，但兄弟俩仍然逍遥法外。进攻加拿大可以切断盎格鲁人与印第安人之间的联系；征服加拿大则可能成为解决海洋问题的筹码。
在麦迪逊陈述的战争理由背后，隐藏着一个更大的理由：民族自尊。英国的挑衅是可以解释的，有时还说得过去；美国也犯了自己的错误，在本该坚定的时候表现出了温顺，或者表现出了毫无益处的坚定（比如禁运）。然而，总而言之，英国为了自己的生存而战，无视并欺凌美国，这让足够多的美国人忍无可忍。
勉强够票。经过两个半星期的辩论（主要是在参议院），国会以众议院 74 票对 49 票、参议院 19 票对 13 票的结果表决通过战争。分歧是党派的—参众两院的联邦党人共有39人，都投了反对票。这也是地区性的--联邦党人主要集中在东北部的商业和海运地区，他们的一些共和党邻居也投了反对票。在投票结果最接近的参议院，战争在"隐身人"的支持下勉强通过，"隐身人"选择在这个问题上支持麦迪逊。这是美国历史上宣战票数最接近的一次投票。
麦迪逊签署了国会法案，并于当天访问了陆军部和海军部。财政部主计长理查德-拉什（Richard Rush）形容他"带着小圆帽和巨大的徽章，以一个小统帅应有的方式刺激着一切！"
欧洲在血泊中浸泡了二十年，但自约克镇以来，美国没有发生过重大战役。军队与印第安人交战，民兵围剿威士忌叛军，仅此而已。说到战争的艺术，美国人已经失去了实践的能力。1812年，年轻的中校温菲尔德-斯科特（Winfield Scott）这样回忆当时的军队："老军官们"--革命战争时期的老兵--"普遍陷入了懒惰、无知或酗酒的习惯"。新军官是"粗野无知的人......挥霍者、依附者、腐朽的绅士，以及其他'不适合做其他事情的人'。. .那么，在一个共和国，把战斗中的安全和荣誉......托付给低能和无知的人，是多么不明智啊。"
在麦迪逊于 1809 年任命的几位部长的领导下，情况没有任何改善的可能。威廉-尤斯提斯在陆军部有十一名文员协助他工作，这在当时是一个很大的编制，但他们都缺乏经验；国会阻止了给他增加两名助理战争部长的提议。这位前军医被自己的职责压得喘不过气来。一位参议员向门罗抱怨说，他"把时间都花在了看广告上.................寻找在哪里可以买到一百双鞋或两百顶帽子"。海军部的情况要好一些--幸运的是，保罗-汉密尔顿是个酒鬼，中午就不工作了。麦迪逊本人很喜欢尤斯提斯和汉密尔顿，他们也是政府的忠实走卒：在罗伯特-史密斯背叛麦迪逊之后，这两位部长支持麦迪逊。他们唯一的问题是不能胜任自己的工作。
麦迪逊可能认为战争时间不会太长，甚至可以忽略不计。英国在欧洲已经深陷泥潭；其军队已经在葡萄牙和西班牙与法军作战长达四年之久。拿破仑在美国宣战一周后越过涅曼河进入俄国。在这些灾难中，英国有能力在大西洋彼岸打一场新的战争吗？多年后，麦迪逊带着岁月的冷血写道："这是一个公平的计算，她不能"。
当然，麦迪逊几乎立刻就发出了和平信号，他亲自向英国驻华盛顿公使概述了美国的条件，并写信给美国驻伦敦代办，授权进行停战谈判。
事实上，英国已经做出了重大让步。5月，首相斯宾塞-佩瑟瓦尔被一个疯子暗杀；新政府成立；6月16日，枢密院令被废除。在华盛顿，国会仍在就是否开战进行辩论，但在通过帆船进行跨大西洋通信的时代，伦敦的消息要到辩论结束后才能到达。这些消息会有什么影响吗？两国正处于对立状态；麦迪逊将英国海上无端征兵列为美国的首要不满，而英国也不会放弃这一点。
战争的第一批牺牲者是美国人。马里兰州是一个政治分裂的州，在每次有争议的总统选举中，共和党人和联邦党人都会瓜分其选举人票。该州最大的城市巴尔的摩是一个繁荣的城市，但底层移民生活艰难而野蛮。6 月下旬，一群暴徒拆毁了巴尔的摩的一份反战的联邦党报纸《联邦共和党人报》的办公室（该报的发行人之一是詹姆斯-瓦格纳，麦迪逊在国务院的旧职员）。一个月后，该报的支持者们全副武装，聚集在另一栋大楼里，印出了另一期报纸，并与第二批暴徒展开了搏斗。这一次，地方当局出动了骑兵，为了保护联邦党人，骑兵把他们关进了监狱，但暴徒们闯了进来，把他们拖到外面，折磨了他们几个小时，殴打他们，用刀刺他们，还用热蜡烫他们，以检验他们是否还活着。联邦党人杀死了一名暴乱者。暴徒将一名联邦党人折磨致死；另一名联邦党人--亨利-李，乔治-华盛顿的一名骑兵军官--终身残废。
在整个战争期间，麦迪逊拒绝了共和党人关于制定煽动叛乱法的要求，这归功于他的一贯作风。这些呼声不仅来自党内御用文人，也来自顶尖的法律人士，包括麦迪逊任命的：外交官威廉-平克尼（William Pinkney）为总检察长，国会议员约瑟夫-斯托里（Joseph Story）为最高法院法官。他对暴民法律的反应就不那么可信了。当联邦党编辑试图将他们的报纸邮寄到巴尔的摩时，麦迪逊拒绝保护邮局。巴尔的摩市议会发表了一份粉饰暴力事件的报告；麦迪逊对这份报告表示欢迎，认为这是对攻击"真正自由的朋友"的"适时解毒剂"。
麦迪逊捍卫他所实践的权利（言论自由），当这些权利受到他所理解的手段（法律）的攻击时。他对私营部门政治暴力的态度更为自由放任，也许是因为这与他的本性格格不入；也许是因为在巴尔的摩这样一个狂野的城市，一个政党拥有自己的亡命之徒是不可避免的。从哲学家到普通人，共和主义是一个巨大的链条。巴尔的摩的暴民是最底层的一环。
战争初期，美国的军事战略是进攻加拿大的英国人。杰斐逊扮演着山顶战略家的角色，他写道，征服加拿大一直到魁北克将是”一个简单的行军问题"；位于新斯科舍省哈利法克斯的英国海军基地可以在第二年攻占。
但美国的武器在各个环节都失灵了。威廉-赫尔（William Hull），一位 59 岁的革命战争老兵，被任命为底特律的指挥官。在温菲尔德-斯科特的名单中，他的缺点是懒惰，还有一丝恐惧。夏天，他冒险进入上加拿大（现在的安大略省），撤退后又向劣势的英军投降。杰斐逊写信给麦迪逊，建议将他作为叛徒枪决。(军事法庭判处赫尔死刑，但考虑到他的年龄，免其一死）。更糟的是，10 月，美军要越过尼亚加拉边境的进攻，但因纽约民兵拒绝越境而失败。
唯一的好消息来自海洋：一艘美国护卫舰"宪法"号俘获并击沉了一艘英国护卫舰"盖里尔"号；美国船长是艾萨克-赫尔，他是底特律失守者的侄子。
战争期间，麦迪逊竞选连任。由共和党国会议员和参议员组成的党团于 5 月再次提名他。副总统克林顿于 4 月去世，享年 72 岁；党团推举几乎同样年迈的埃尔布里奇-格里（Elbridge Gerry）代替他参选。
乔治-克林顿的去世使他 43 岁的侄子德威特成为家族派系的领袖，与叔叔不同的是，这位纽约市长全力竞选白宫。德威特-克林顿的画作捕捉到了他分化的政治个性：他高高的眉毛显示了他的智慧（与麦迪逊不同，他的智慧适合于行政方面的成就：在晚年，他规划并完成了伊利运河）；他紧闭的嘴就像一个夹腿器，反映了他巨大的傲慢。克林顿的竞选活动与1808年反麦迪逊的活动一样，都是在召集不满者，而詹姆斯-门罗的回归意味着在弗吉尼亚州找不到任何不满者。但克林顿可以在他自己的州--现在是联邦最大的州--吸引共和党人，并在全国范围内跨越党派界限吸引联邦党人。
麦迪逊在制宪会议上的老同事古弗努尔-莫里斯（Gouverneur Morris）在日记中表达了联邦主义的心态；虽然他认为克林顿"是个没有原则的家伙，除了他自己，什么也不在乎，谁也不关心"，但他"对弗吉尼亚的统治感到厌倦"。9 月在纽约举行的联邦党人秘密大会同意支持克林顿，但不点名，以免给他带来厄运。克林顿挑选了曾为宾夕法尼亚州签署宪法的联邦党律师贾里德-英格索尔作为竞选伙伴。
克林顿的纲领是"在战争中保持活力，在和平关系中保持坚定的性格"。历史学家对这一无所不包的纲领嗤之以鼻，尽管它并不比麦迪逊在同一周宣战并发出和平呼吁更矛盾。然而，麦迪逊可以为自己辩护说，他表现出了一个行政官员负责任的灵活性；而挑战者却没有资格提出这样的论点。
在 1812 年的选举中，有 18 个州参加了投票（路易斯安那州是路易斯安那领地的最南端，已于 4 月获得州地位）。麦迪逊赢得了新英格兰的一个州--佛蒙特州。那里的其他各州，加上纽约州、新泽西州、特拉华州和马里兰州的五名选举人，都把票投给了克林顿。麦迪逊在马里兰州获得六票，在西部和南部的八个州都获得了选票。选举结果由宾夕法尼亚州决定，宾夕法尼亚州坚定地支持麦迪逊；就连他在曙光之战中的祸害威廉-杜安也支持他（杜安将获得军事任命）。麦迪逊赢得了 128 张选举人票，克林顿只获得 89 张。如果宾夕法尼亚州的选举结果相反，克林顿将以114:103获胜。麦迪逊的总统生涯和他的战争将继续下去。
